Intersex-flaget er kendetegnet ved en lilla cirkel inden i en gul trekant, der er placeret på venstre side af et progressivt pride-flag. Denne kombination søger at skabe opmærksomhed og inkludering af intersex-personer inden for LGBTQIA+-samfundet. Det oprindelige LGBTQIA+-Pride-flag, også kendt som regnbueflaget, repræsenterer samfundet som helhed, mens tilføjelsen af den gule og lilla cirkel inden i flaget repræsenterer intersex-personer samt trans- og ikke-binære personer.
Intersex-flaget i sig selv, skabt af Morgan Carpenter, består af en lilla cirkel på en gul baggrund. Cirklen repræsenterer helhed og fuldstændighed samt retten til kropslig autonomi og genital integritet, ifølge Intersex Human Rights Australia (tidligere OII Australia). Intersex-flaget bruges ved begivenheder som Pride og er et symbol på kampen for intersex-rettigheder.
Kort sagt, intersex-flaget er inkorporeret i et bredere pride-flag for at repræsentere inklusionen af intersex-personer inden for LGBTQIA+-samfundet.